Fundado en 1503 por Beatriz de Arellano, bajo la advocación de la Purísima Concepción. Originalmente fue fundado en el antiguo barrio de La Villa, pero debido a su pequeñez y malas condiciones se trasladó a la calle Félix Lomas. Como la imagen de Nuestra Sra. de Gracia era más antigua y además donada por los Reyes Católicos se cambió el nombre al convento, con el que lo conocemos hoy.
El convento ha sido habitado durante mas de cinco siglos en la ubicación anterior hasta que en 2009 y dado el muy mal estado del mismo las HH. Clarisas deben vender el mismo y trasladarse a las afueras de Vélez a un nuevo Monasterio después de muchas vicisitudes y penalidades.