Este humilde convento, primero beaterio, fue fundado como congregación por Catalina García en 1670. Su arquitectura no tiene más valor artístico que el de la sencillez. Sin embargo, del torno de la clausura ha transcendido el buen hacer repostero de las monjas. La fama de sus almendras garrapiñadas se ha extendido más allá de los límites de la ciudad. Es el único producto que ofrecen y que no dejan de vender. En 1906 se estableció en unas antiguas casas de la Universidad.
El edificio que actualmente se levanta sobre el solar del antiguo convento es una buena muestra de la arquitectura militar del siglo XIX. Se levantó de nueva planta entre 1859 y 1864 como cuartel de caballería.
De las obras de arte que atesoraba este monasterio destaca el sepulcro del arzobispo Carrillo, obra maestra de la escultura gótico final, que, tras su restauración, puede contemplarse hoy en día en el Museo de la Iglesia Catedral-Magistral, templo donde también se conserva la urna con el cuerpo incorrupto de San Diego, proveniente de la capilla del mismo nombre de la iglesia del convento de franciscanos. Además, en la fachada del actual convento de San Juan de la Penitencia se conservan dos esculturas de San Diego y de San Francisco de Borja que, junto con la imagen en piedra de Santa María de Jesús que presidía la fachada de la iglesia del antiguo convento, fueron trasladadas a su actual ubicación tras el derribo del monasterio en 1859.
