El convento fue fundado por Juan de Castillo Río y habitado por las madres clarisas el 30 de enero de 1618, en un convento que aun estaba sin terminar. Las fundadoras eran solamente cuatro monjas clarisas y llegaron desde Santa Clara de Zarauz.
La iglesia del convento consta de una sola planta, se encuentra cubierta con bóveda de medio cañón. En esta se halla un retablo mayor que es de 1665 aproximadamente, este fue tallado por Francisco Martínez de Arce. La parte inferior del retablo aloja la imagen de la Virgen del Tránsito o de la Cama. Esta es una imagen de filiación vallisoletana realizada a principios del siglo XVII. Esta fue obsequiada al convento por la condesa de Lemos y se coloco en el coro alto en 1638.