Fundado en 1683, fue originalmente de religiosas franciscanas descalzas de San Pedro de Alcántara.
En 1836, durante la desamortización de Mendizábal, el convento fue suprimido y convertido en un almacén de maderas, con lo que las religiosas tuvieron que trasladarse a las Descalzas Reales para regresar en 1852.
Nada queda del edificio original, ya que en 1861, y debido a las obras de ampliación del Paseo de Recoletos, parte del terreno del convento fue expropiado por el Ayuntamiento, lo que provocó su demolición. A partir de 1866, y según un proyecto del arquitecto Juan J. Urquijo, se construyó el edificio actual, que poco después volvieron a habitar las religiosas.
En 2011, la Dirección General de Patrimonio Histórico de la Comunidad de Madrid incoó expediente para la inclusión del monasterio e iglesia de la Inmaculada y San Pascual de Madrid en el Inventario de Bienes Culturales de la Comunidad de Madrid