Su fundación data de 1604. En la Semana Santa leonesa ya que al igual que en otros conventos de la ciudad de León, se celebran numerosos actos en el interior o exterior de los mismos. En el de Santa Cruz de León se efectúan entre otros actos: el miércoles santo, haciendo la correspondiente parada ante la fachada del convento, se pronuncia una alocución por un mantenedor dentro de la celebración de la Ronda Lírico Pasional; el jueves santo, en el interior del convento se lleva a cabo el acto del Desagravio en el transcurso de la Procesión de las Tinieblas y Santo Cristo de las Injurias; y por último, el sábado santo, en el itinerario de la Procesión del Santo Cristo del Desenclavo, se entona el canto de la Salve por las Madres Clarisas en el interior del Convento ante la imagen de Nuestra Madre María del Desconsuelo, todos organizados por la Cofradía del Santo Cristo del Desenclavo.
Asimismo, en la mañana del Viernes Santo, la procesión de Los Pasos que organiza la Cofradía del Dulce Nombre de Jesús Nazareno hace una breve parada ante el Convento de las Clarisas así que llega allí el paso de Nuestro Padre Jesús Nazareno, titular de dicha cofradía. Entonces, las religiosas cantan una oración al paso del Señor y la agrupación penitencial les entrega un ramo de flores.