Fue fundado en 1510 , siendo confirmada esta fundación en 1515 por la Condesa de Niebla , Elvira de Guzmán. La iglesia quedó destruida en 1936, cuando el convento fue saqueado e incendiado en los prólogos del inicio de la Guerra Civil. Fueron destruidos, entre otras piezas, el retablo del siglo XVIII y la primitiva imagen de Nuestra Madre de la Consolación. La iglesia quedó en ruinas hasta 1952. Tras vender parte de los terrenos del convento, se iniciaron las obras de restauración, que duraron hasta 1955.
De la primera época aún se conservan el patio de entrada y un patio mudéjar alzado sobre pilares de ladrillo. La iglesia adquiere la prestancia actual a partir de 1618 con la creación de la capilla del altar mayor. En 1951 se restaura el edificio, creándose la actual cúpula. El retablo fue realizado en 1955 según las trazas del primitivo retablo. Lo preside la imagen de talla completa de Santa María de Gracia, imagen del siglo XVIII. El convento cuenta con tres claustros. Dos de ellos son mudéjares, mientras que el tercero, es de la segunda mitad del siglo XVIII.
Parte del recinto fue adaptado en 1982 para abrir el colegio Santa María de Gracia. Regentado por la Comunidad de MM. Agustinas del mismo monasterio. Recoge una tradición centenaria de vida contemplativa, ya que su fundación data del año 1510, a la que suma el matiz apostólico “desde dentro”, al tener bajo la dirección de las Monjas a jóvenes educandas provenientes de familias de Huelva y su entorno ya en el s. XVII.