Fue fundado en el año 1282 por Sancha de Rojas y Velasco, hija de Rui Díaz de Rojas y de doña Sancha Velasco. Las primeras monjas del monasterio de Castil de Lences provenían del monasterio de Santa Clara de Burgos. Eran cuatro hermanas de las que hoy solo se conoce el nombre de la abadesa, Doña Gracia López de Callón. Hay pocos documentos que hablen de los primeros momentos del monasterio. El más importante es la carta fundacional, que se guarda cuidadosamente en el archivo. El monasterio en su interior contiene valiosos elementos artísticos.
El claustro es románico de transición, es la parte más antigua y se construyó en 1270. Tiene ventanas con columnas pareadas y bóvedas un poco apuntadas. El coro de la iglesia, totalmente gótica, también corresponde al siglo XIII.
La Sala Capitular consta de 10 arcos y un artesonado mudéjar . El claustro superior es corrido, levantado en el 1700, así como la sacristía y los dormitorios.