Fundado en 1.270 por la generosidad de D. Domingo Egidio y Dña. María Verdugo, ambos vecinos de Arévalo. Existe una leyenda que dice que San Francisco de Asís, acompañado de algunos religiosos de la Orden, peregrinó a Santiago de Compostela, a fin de visitar las reliquias del Apóstol. Le acompañaban también varias Clarisas que fundaron el Convento de Olite, en tierras Navarras y el de Rapariegos, que fue el segundo que la Orden tuvo en España.
En el interior del convento se hallan cuadros que atestiguan las jornadas que aquí pasó la reina Isabel la Católica, fiel devota de Sta. Clara. En 1750, este convento sufre un incendio que acabó prácticamente con su fábrica, a excepción de la iglesia. Cinco años después se incendia de nuevo y es reedificado. Ya en el S.XIX, durante la Guerra de la Independencia, el convento fue saqueado y despojado de una buena parte de sus obras de arte y también en este siglo sufriría las consecuencias de la Desamortización de Mendizábal. Aún así este convento continuó con su actividad hasta nuestros días.