Fundado en 1.246 por Doña Sancha Gómez, esposa de Don Gonzalo Pérez de Lara, señor de Molina. La donación se hizo a la orden del Císter, y desde entonces, de forma ininterrumpida, salvo en época napoleónica, es atendido por monjas de esta orden en régimen de clausura. Tiene su origen en una ermita que fue construida al amparo de una fuente o manantial cuyas aguas eran famosas y muy apreciadas, consideradas milagrosas y con propiedades curativas; era llamada «la buena fuente» y se conocía su existencia desde tiempos antiguos. En época románica se sustituyó esta ermita por un templo de mayores proporciones pero pequeño, de 11 m de largo y orientado norte-sur. De este templo subsiste la primitiva portada de ingreso.
La iglesia forma parte muy especial de ese conjunto. Es de estilo románico, de una sola nave de cuatro tramos, más el presbiterio y el ábside de planta cuadrada. Se cubre con una bóveda de cañón ligeramente apuntada, propia de la arquitectura cisterciense. En el interior de la iglesia, en su muro oeste, hay un manantial sobre una hornacina manando agua y que da nombre al monasterio.