El monasterio original de la primera comunidad, fue fundado en la casa de los padres de la Venerable Sor Mª de Jesús el 13 de Enero de 1.619, por la madre de Sor María de Jesús, Catalina Arana, su hermana Jerónima y la misma Sor María de Jesús, junto con tres religiosas del Convento de San Luis de Burgos. El edificio era la casa particular de la Venerable María Jesús de Ágreda, que ella misma convirtió en convento y donde alberga un museo. El actual convento de la Concepción de Ágreda comenzó a construirse en 1.627 debido a la falta de espacio del anterior y cuando Sor María de Jesús fue elegida abadesa con tan solo 25 años.
Se trata de un templo barroco de planta de cruz latina de una sola nave. Un retablo del s. XVII dedicado a La Inmaculada, preside al Altar Mayor. A un lado de la iglesia el retablo de San Francisco, donde a sus pies se encuentra el féretro (sellado y acristalado) con el cuerpo incorrupto de Sor María de Jesús de Ágreda. Sor María, conocida también con el sobrenombre de la Dama Azul por su hábito, fue consejera política y espiritual del rey Felipe IV durante 22 años y considerada una de las primeras escritoras españolas. Su obra cumbre es “La Mística Ciudad de Dios”.