El origen de esta comunidad parece remontarse a un beaterio, citado ya en 1505, situado cerca de la ermita de San Mamés. Para 1530 la institución se había trasladado a La Naja, . En 1629 se construyó en el mismo lugar un nuevo convento. A finales del XVIII la institución sufrió una breve interrupción con la llegada de las tropas francesas a Bilbao.
En varias ocasiones se convierte en hospital militar. También hubo momentos de exclaustraciones, en los que la comunidad se refugiaba en la casa de Ripa. En 1858 la construcción de la Estación del Ferrocarril supuso la expropiación y la búsqueda de una nueva ubicación. El nuevo convento se construyó en la parte alta de Miribilla. Inaugurado en 1861, el proyecto fue de D. Pedro de Belauzarán. Al inicio de la Guerra Civil, grupos armados entraron en el convento y lo quemaron, obligando a las monjas a que lo abandonasen. En 1946 el conjunto fue reedificado y en 1957 se reinauguró el templo.
El actual convento es exento, contando con diversos edificios e instalaciones (celdas, locutorios, talleres, enfermería, huerta y capilla funeraria, patio con pozo y brocal…). Yuxtapuesta a él, se sitúa la iglesia, de planta de cruz latina, cubierta con bóveda de cañón y muros de sillería vista. Entre 1991-93 se decoró con un original retablo policromado, obra de José Luis de Iriondo.