La iglesia de los agustinos recoletos cuenta con una planta de cruz latina y fue concluida en 1679. Su fachada está retranqueada, quedando separada de la calle Santiago por un zaguán; en ella se ubican cuatro imágenes talladas en piedra procedentes de dos conventos alcalaínos. En la hornacina central se sitúa una imagen de Nuestra Señora del Rosario que procede de la portada del colegio-convento de los dominicos de la Madre de Dios (actual Museo Arqueológico Regional) y tras atravesar tres arcos hay un atrio con sendas imágenes de San Diego de Alcalá, San Francisco de Borja y Santa María de Jesús.
Tras la restauración de 2006 se ha instalado un museo en una sacristía ovalada de la iglesia construida en el siglo XVIII. En él se exhiben piezas artísticas y documentales que testimonian la historia del monasterio y su vinculación con el Cardenal Cisneros, como una copia de su testamento, un bastón nazarí o un relicario en madera con forma de pectoral, legados al monasterio por Cisneros tras su fallecimiento.