Fundado en 1.237, algunos años después, en 1.269, una riada del Duero devastó el convento. Buscan nueva ubicación y así se trasladan cerca del castillo y la catedral de la ciudad. Permanecerían en este lugar durante tres siglos, hasta 1.586 cuando una nueva riada vuelve a inundar el convento. Las pérdidas son enormes y afectaron principalmente al archivo conventual. De nuevo inician la búsqueda de una casa y, en este caso, se les permite instalarse en un convento al otro lado de la ciudad que había pertenecido a la orden benedictina y que había quedado abandonado. Se instalan dando nombre a la propia calle que será de Santa Clara hasta la actualidad.
Vivirán sin interrupción en este convento hasta la llegada del siglo XX. En el año 1.951 se deciden de nuevo a hacer mudanza ya que el edificio que ocupaban estaba en el mismo centro de la ciudad, dificultando la vida de clausura, además de estar en malas condiciones de humedad y conservación. Se trasladan a las afueras, junto a la recién creada Universidad Laboral de Zamora para la que, además, trabajan realizando tareas de lavandería.