El 26 de agosto de 1561, tomaron posesión del convento cuatro religiosas procedentes de Castil de Lences (Burgos), trayendo como Madre Abadesa a Ana de Palencia. En pleno camino de Santiago y contiguo a la Capilla de Madre de Dios, se alza el Monasterio de Santa Elena, fundado a mediados del siglo XVI por doña Aldonza Manrique de Lara, hija de los Duques de Nájera, y en la actualidad habitado por las Hermanas. Franciscanas Clarisas. a iglesia del siglo, XVII, es obra de los canteros Pedro Ezquerra de Rozas y José de la Puente Liermo.
Tiene planta de cruz latina, con una nave de cuatro tramos, crucero y cabecera rectangular. Es destacable la imagen titular de Santa Elena y las historias de las calles laterales del retablo, que representan a San Antonio, Anunciación, Bautismo de Cristo y la Asunción. La iglesia contiene toda una serie de objetos de gran belleza, entre ellos varios retablos barrocos. Destacan los dos retablos rococó de la segunda mitad del siglo XVIII, situados en ambos brazos del crucero. El de la izquierda alberga una gran imagen clasicista de la Concepción de mediados de XVII, y el de la derecha, una imagen de Santa Clara.