Considerado como uno de los tesoros del territorio, fue un importante enclave del Camino de Santiago por la Costa durante la Edad Media y sobre todo, el Renacimiento. El origen histórico de Zenarruza suele situarse entre los siglos IX y X. En 1988 llega la comunidad cisterciense procedente del monasterio de la Oliva en Navarra donde continúan hasta nuestros días.
El conjunto de instalaciones monásticas comprende una iglesia del siglo XV de estilo gótico renacentista (donde destaca el retablo plateresco de su altar mayor), un precioso claustro de mediados del siglo XVI y distintas dependencias propias de la clausura y la vida comunitaria como las casas del abad, la de los colonos y el refectorio. Antiguamente contaba con un hospital para peregrinos que se destruyo en un incendio pero que, tras ser reconstruido recientemente, sirve ahora como hospedería.
El monasterio de Santa María de Zenarruza esta declarado Bien de Interés Cultural desde 1948.