Se trata de un convento femenino de la Orden de San Agustín. En un comienzo fue un beaterio del que se desconoce el origen, aunque se sabe que para el siglo XVI ya existía. Las religiosas se negaron a abrazar la clausura, pero para el año 1623 tuvieron que aceptarla. Desde su fundación y hasta mediados del siglo XIX, estuvo situado en la calle Sendeja.
En su estilo de vida, además de la oración, el rezo y las celebraciones litúrgicas, se dedicaban, especialmente, a paliar las necesidades del momento: asistencia a enfermos, moribundos, enseñanza, velatorios de difuntos…; además de resultar su forma de sustento. Esto hacía que estas mujeres fueran muy apreciadas por todas las personas de la comarca.
A medida que fue pasando el tiempo, la Iglesia fue emitiendo nuevas nomas para regular este nuevo estilo de vida comunitario que iba surgiendo, a las que se tuvieron que ir adecuando.
A partir del 1691 pasa a ser Monasterio de Santa Mónica, de Monjas Agustinas. Vivió muchas vicisitudes, expolios y traslados, derrumbes y reedificaciones, y distintos usos. Y, sobre todo, padeció las consecuencias de los acontecimientos políticos durante la primera mitad del siglo XIX. El 26 de noviembre de 1860 resulta fecha importante porque se procedió a la inauguración del nuevo edificio, con mayor terreno y espacio. E, incluso, la iglesia ejerció de parroquia hasta la apertura de la Basílica de Begoña, en 1877.
A partir de ese momento la vida de las monjas transcurre con sosiego en los quehaceres de la casa, la costura y el bordado, las tareas del huerto, y su principal función de oración contemplativa. Y, desde 1950, respondiendo a la numerosa demanda de parroquias, capillas, congregaciones, etc., decidieron dedicarse a la tarea de fabricar obleas. Tarea que hoy día perdura, además de la repostería variada que ofrecen y la acogida en la Casa de oración, en instalaciones renovadas y adecuadas según las necesidades que han ido surgiendo.