Este Monasterio fue fundado por Alfonso X el Sabio: Poco a poco se transformaría la casa solariega de los Guzmán en residencia monástica con una gran iglesia. En 1270 (Primer Centenario del nacimiento de Santo Domingo) el propio rey lo inauguró y les concedió a las monjas que lo ocuparon el Señorío de Caleruega, con el fin de que pudieran vivir y cumplir su misión de guardianas del lugar de nacimiento de Santo Domingo.
El Archivo del Monasterio cuenta con varios Privilegios reales, donaciones a la fundación, ordenaciones de algunos Maestros de la Orden, Bulas papales, …que datan desde el siglo XIII y que están muy bien conservados.