En noviembre de 1835, obedeciendo el decreto de exclaustración del gobierno de Mendizábal, la comunidad se dispersa y se interrumpe la vida monástica benedictina de Silos durante cuarenta y cinco años. En1880, un grupo de monjes benedictinos de la abadía francesa de San Martín de Ligugé, ante la imposibilidad de seguir en su monasterio por las leyes francesas, abandonan su abadía y llegan a Silos.
En su aspecto exterior, en sus edificios monasteriales, Silos se compone de dos monasterios yuxtapuestos, en torno a dos claustros: a) el medieval; y b) el moderno o clásico-barroco; con la iglesia al Norte, y la gran ala Sur, o zona habitacional, con las celdas de los monjes. Esta parte sufrió un pavoroso incendio en 1970, y se redujo a cenizas. Pero bajo la dirección de Bellas Artes, se restauró en 1971-72. El claustro su construcción se inició poco después de 1080. Tiene forma de cuadrado regular, las dos pandas tanto la este como la norte tienen catorce arcos por lado.