Fundado en 1.268. Al Monasterio de Puente la Reina cabe la gloria de ser el primero de la rama Femenino fundado en España. Se asocia a la orden hospitalaria del Espíritu Santo, fundada por el Beato Guido de Montpellier. Esta institución formaba parte de la infraestructura monástica que, junto a la Iglesia del Crucifijo (templaria) y la de Santiago, daba servicio a los viajeros en la Edad Media.
Aunque el edificio actual es barroco, destaca la conservación de restos medievales, incluyendo una portada del siglo XIII. El interior alberga retablos rococós de gran valor artístico, propios de la reforma del siglo XVIII.