La cartuja de Miraflores fue fundada en 1442 por el rey Juan II de Castilla, aunque esta cartuja es, en realidad, obra casi exclusiva de su hija la reina Isabel la Católica. En 1453 se decidió construir el actual edificio. Entre los años 1454 y 1488 se desarrollan las obras del nuevo monasterio, que ahora es puesto bajo la advocación de Santa María de la Anunciación (de Miraflores). Las obras se encargaron al arquitecto alemán Juan de Colonia, que trabajaba por entonces en la catedral de Burgos. Es en 1477 cuando son impulsadas por la reina Isabel la Católica. En su reinado se termina el retablo mayor y el sepulcro de Juan II e Isabel de Portugal, situado en el presbiterio.
El retablo mayor de la cartuja fue tallado en madera por el artista Gil de Siloé y policromado y dorado por Diego de la Cruz, con oro que procedía de los primeros envíos desde América. Uno de los elementos más destacados del retablo es la rueda angélica en la que se enmarca la imagen de Cristo crucificado. En la parte más externa de la rueda se sitúan las figuras de Dios Padre, a la izquierda, y del Espíritu Santo, a la derecha, sosteniendo el travesaño de la cruz. En la parte inferior del madero, completan la escena las figuras de la Virgen María y San Juan Evangelista.
La Cartuja de Miraflores fue declarada Monumento Nacional (1923) y posteriormente Bien de Interés Cultural (1985).