Fue fundado en el siglo XIII por Fernando III, el Santo, en el Arrabal de las monjas, una zona extramuros de la ciudad. Sin embargo, después de sufrir un ataque se traslada dentro de la ciudad. En su parte trasera, en un espacio que actualmente ocupa un gran huerto, se ubicó una de las primitivas sinagogas judías de la ciudad, convertida después de las graves persecuciones de 1391 en la iglesia de Santa Cruz, dependiente de la parroquial de San Andrés. En el siglo XV se convertiría en parroquia también, y pasados los siglos y tras diversos litigios con dicha iglesia, a causa de su torre campanario (desde la que se veía la clausura), dichos espacios pasaron a ser propiedad del Real Monasterio de Santa Clara. Gran parte del monasterio, de enormes dimensiones actualmente, se incorporó al mismo tras el abandono de la población hebrea de gran parte de los espacios de la primitiva judería de la ciudad

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