Fundado en 1.589 tras su primera ubicación en la calle del Príncipe, se decide su traslado a su alojamiento definitivo en la calle de Atocha, lejos de la incomodidad que ocasionaba la vecindad con el corral de Comedias del Príncipe, se debe a la intervención de la reina Margarita de Austria, esposa de Felipe III, quien creó el Patronato Real en 1.610, entregando a las monjas la llamada Casilla, finca y palacio de campo del secretario de Felipe II, edificio en parte subsistente en la actual clausura.
La iglesia tiene planta de cruz latina de dimensiones reducidas. Está formada por tres espacios perfectamente integrados: la nave única, gran crucero de forma octogonal y la cabecera plana. Es un edificio de planta singular, con nave de dos tramos muy reducidos y un gran crucero, que casi dobla en extensión las dimensiones de la nave, rematado con un presbiterio cuadrado.