La iglesia parroquial de Santa María Pero Gómez fue fundada en 1280,​ y otros autores añaden que el templo fue fundado a finales del siglo XIII por un caballero principal de la ciudad llamado Pero Gómez, o Pedro Gómez,​ que era pariente y mayordomo de Blanca Alfonso de Molina, quinta señora de Molina y Mesa,​ y que, en recuerdo del fundador, el templo recibió el nombre de iglesia de Santa María de Pero Gómez.​ Está documentado que durante la Edad Media esta iglesia albergaba numerosas reliquias de santos.

En 1572, el cardenal y obispo de Sigüenza, Diego de Espinosa, unió la parroquia de Santa María de Pero Gómez a la de San Martín, a petición de los sacerdotes y clérigos de la ciudad de Molina,  junto con sus ornamentos, retablos, vasos sagrados, rentas de fábrica y parroquianos, entre otras cosas, y la iglesia de Pero Gómez quedó convertida en ermita, aunque conservó su antigua advocación.⁶​

Y en 1580, tras cuarenta años de abandono, Pedro Malo de Heredia, que continuó las obras del convento iniciadas por Juan Ruiz Malo de Molina, solicitó a fray Lorenzo Suárez de Figueroa y Fernández de Córdoba, obispo de Sigüenza, que le concediera la ermita de Pero Gómez para que fuera la capilla del nuevo convento de clarisas de Molina de Aragón, y el obispo aprobó la petición y se la entregó a perpetuidad a él y a sus descendientes, para que pudieran recibir sepultura allí.​ Y algunos autores señalan que en 1581 el nuevo convento de Santa Clara fue incluido en la jurisdicción de la provincia franciscana de Cartagena, y que fue habitado por religiosas procedentes del convento de Santa Clara de Huete, siendo su primera abadesa Ana de Godoy,​ aunque otros autores señalan que el convento fue entregado a las clarisas en 1584.

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